Как считается количество товаров в магазине?

Количество всех товаров в системе отображается в разделе Товары → Импорт/Экспорт, нужная цифра находится справа от "Справочник товаров":

Невыставленные на витрину и скрытые товары также учитываются.

Товары, которые находятся в корзине, не учитываются.

Несколько вариантов одного товара считаются одним товаром.

Удалите товар, чтобы он не учитывался в итоговом количестве. Товар необходимо отметить галочкой и нажать на значок корзины: